Le nom de Saint-Henri évoque un ancien évêque de Québec, monseigneur Henri-Marie du Breuil de Pontbriand qui est caractérisé par une très grande tolérance. Le patron de Saint-Henri rappelle Henri II qui fut d'abord duc de Bavière pour devenir ensuite souverain de l'Allemagne et finalement couronné empereur de Rome. La fête de saint Henri se célèbre le 15 juillet.

À partir de 1731, près des îles de la rivière Etchemin, à quelque neuf kilomètres du fleuve Saint-Laurent, le territoire de Saint-Henri a commencé à se faire défricher par des gens venus de Beaumont, de Sainte-Foy, de Saint-Michel, de l'Île d'Orléans, etc. À cette époque, on dénommait l'endroit Village de Sainte-Geneviève à la Côte de Saint-Henry en l'honneur de la tante de monsieur Étienne Charest, seigneur de Lauzon.

En 1746, on parle de construction d'un moulin pour assurer une certaine subsistance aux colons déjà établis. Dans les environs de 1780, certains de ces colonisateurs déménagèrent graduellement au site actuel du village de Saint-Henri.

Saint-Henri a été érigé canoniquement le 25 mai 1833 et obtenu le statut de municipalité Paroisse le 1er juillet 1845, de municipalité Village le 8 juillet 1913 et de municipalité Rivière Boyer le 25 janvier 1922. Ces municipalités ont fusionné en 1976 pour former l'actuelle municipalité.

La Municipalité a connu un essor grâce au passage du train du Québec Central, à partir de 1873, qui traversa une partie de la paroisse et aussi par la construction de la gare pour accommoder habitants et voyageurs. Aujourd'hui, la vocation agricole est dominante, mais quelques industries s'y sont implantées, marquant le dynamisme de Saint-Henri et sa volonté de se tourner résolument vers l'avenir.